เป็ดเทศเป็นสัตว์ปีกที่สามารถฟักไข่ได้ด้วยตัวของมันเอง ซึ่งจะฟักออกได้ดี 80-90% แต่เมื่อนำไข่เป็ดที่รวบรวมครั้งละมากๆ ฟักโดยใช้วิทยาการสมัยใหม่ คือฟักไข่เป็ดเทศด้วยตู้ฟักไข่ไก่ การฟักออกของไข่เป็ดเทศไม่ดีเท่าที่ควร ซึ่งเมื่อตอนเริ่มฟักไข่เป็ดเทศซึ่งมีเปลือกหนาและเยื่อหุ้มไข่ที่เหนียว การฟักออกนั้นต่ำมาก ตู้ฟักไข่ที่ใช้ฟักไข่เป็ดเทศนั้นเป็นตู้ฟักไข่ไก่ เมื่อนำมาฟักไข่เป็ดเทศจึงทำให้เปอร์เซนต์การฟักออกต่ำกว่าปกติและบางครั้ง ฤดู เช่น ฤดูร้อนหรือฤดูฝน การฟักออกไม่ดีมีปัญหามาก อัตราการตายในช่วงสุดท้ายของการฟักไข่สูง หรือเรียกอีกอย่างหนึ่งว่า ตายโคมสูง ทั้งนี้เพราะวิธีการฟักไข่ไก่แตกต่าจากการฟักไข่เป็ดเทศโดยสิ้นเชิง ซึ่งวิธีการฟักไข่เป็ดเทศได้รับคำแนะนำจาก ดร.สวัสดิ์ ธรรมบุตร หัวหน้ากลุ่มงานสัตว์ปีกกองบำรุงพันธุ์สัตว์ กรมปศุสัตว์ โดยนำมาทดลองที่ศูนย์วิจัยและบำรุงพันธุ์สัตว์ท่าพระ ทำให้เปอร์เซนต์การฟักไข่ออกดีขึ้น โดยฟักออกเป็นตัวถึง 70% ในการฟักไข่เป็ดเทศมีขั้นตอนต่างๆ ดังนี้
1. การคัดเลือกขนาดและรูปร่างของไข่เป็ดเทศเข้าฟัก
-  ควรมีขนาดสม่ำเสมอ ไม่ใหญ่หรือเล็กเกินไป สามารถเพิ่มอัตราการฟักออกได้ดีถึง 5%
-  ขนาดไข่ที่พอเหมาะอยู่ระหว่าง 65-75 กรัม
- ไข่มีรูปร่างไม่กลมหรือแหลมเกินไป
-  เปลือกไข่เรียบ ไม่ขรุขระ ไม่มีรอยยุบ หร้ว หรือแตก เพราะจำทำให้การฟักออกไม่ดี และทำให้อากาศในตู้เสีย
2. การเก็บรักษาไข่ก่อนนำเข้าตู้ฟัก
ตามปกติแล้วจะเก็บไข่เป็ดเข้าตุ้ฟักทุกวัน ในกรณีที่นไข่เป็ดมีมากแต่ถ้าไม่มากจะก็บเข้าทุกๆ 3-4 วัน ในการเก็บไข่เป็ดเพื่อรอการนำเข้าสู่ตู้ฟัก ควรเก็บในห้องเย็น อุณหภูมิระหว่าง 50-65 องศาF และมีความชื้น 75% ควรกลับไข่อย่างน้อยวันละ 2-3 ครั้ง ก็จะทำให้สดและแข็งแรง
3. การทำความสะอาดเปลือกไข่เป็ดเทศ
ไข่เป็ดที่เก็บเพื่อนำเข้าฟักควรได้รับการทำความสะอาดทันทีที่เก็บออกจากคอก ไข่ที่มีมูลหรือดินสกปรกตามเปลือกควรใช้กระดาษทรายหยาบขัดออก ให้หมด อย่าใช้วิธีล้างน้ำเพราะจะทำให้เชื้อโรคซึมแทรกเข้าไปตามรูพรุนเข้าสู่ภายใน ฟองไข่และทำอันตรายต่อไข่ภายในได้ ในขณะทำความสะอาดไข่ควรตรวจดูเปลือกไข่ที่บุบและร้าวด้วย เพื่อคัดไข่ออกเสียแต่แรก ถ้านำไข่ทีสกปรกบุบและร้าวเข้าฟักในตู้ฟักไข่จะทำให้การเจริญเติบโตของเชื้อ โรคดีในสภาวะความร้อนชื้นในตู้ฟักไข่ ทำให้ไข่แตกเน่า ส่งกลิ่นเหม็นภายในตู้ฟักและสกปรก
4. การรมควันฆ่าเชื้อโรค
หลังจากทำความสะอาดเปลือกไข่แล้ว นำมาทำการรมควันเพื่อฆ่าเชื้อโรคที่เกาะติดบนเปลือกไข่ โดยเฉพาะเชื้อแบคทีเรีย Samonella ซึ่งเป็นสาเหตุให้ลูกเป็ดตายก่อนเจาะเปลือกไข่ โดยจะรมควันไข่เป็ดที่เก้ฐมาจากคอกก่อนนำเข้าห้องเก็บไข่
การรมควัน ใช้ด่างทับทิม 20 กรัม กับฟอร์มาลีน 40% 40 ซี.ซี. ต่อพื้นที่ 100 ลุกบาศก์ฟุต วิธีทำก็คือ ชั่งด่างทับทิมแล้วใส่ชามสังกะสีเคลือแล้วใส่ในตู้อบ เทฟอร์มาลีนลงในอ่างเคลือบแล้วรีบปิดประตูทันที ระวังอย่าดมควันฟอร์มาลีนมัลดีไฮด์ เพราะจะทำให้เยื่อจมูกตาอักเสบได้ ทิ้งไว้ 15-20 นาที แล้วจึงนำไข่เข้าเก็บในห้องเก็บไข่ จุดที่สำคัญคือ ห้ามรมควันไข่ที่ฟักไปแล้ว 24-72 ชม. และไม่รมควันไข่ที่ลูกเป็ดกำลังเจาะเปลือกไข่ออก
5. การฟักไข่เป็ดเทศระยะ 1-10 วันของการฟัก
ไข่ที่ได้รับการเก็บไว้ที่อุณหภูมิ 50-65 องศาF เป็นเวลา 7 วัน แล้วนำเขาตู้ฟัไข่ในช่วงนี้อาจรมควันฆ่าเชื้ออีกครั้งหนึ่งก็ได้ แต่ควรระวังอย่ารมควันไข่ที่เพิ่งเข้าตู้ฟักได้ไม่เกิน 24-72 ชม. เพราะถ้ารมควันจะทำให้ไข่เพิ่งเข้าตู้ฟักเชื้อตายได้ในช่วง 1-10 วันแรกที่เข้าตู้ฟักอุณหภูมิ 100 องศาF อุณหภูมิปรอทรตุ้มเปียก 86 องศาF กลับไข่อย่างน้อยวันละ 6 ครั้ง
6. การฟักไข่เป็ดในระยะที่ 2 ที่ 11-31 วันของการฟัก
ในวันที่ 11 ของการฟัก จะนำไข่ออกจากตู้ฟักมาส่องไข่หาไข่เป็ดเทศที่ไม่มีเชื้อและเชื้อตายออกเมื่อ ส่องไข่เสร็จแล้วนำไข่ที่มีเชื้อเข้าตู้หนึ่ง ซึ่งเป็นตู้ฟักที่ระบบให้ความร้อนและระบบพัดลมแยกออกจากกันเพราะในช่วงวัน ที่ 11-31 ของการฟักไข่จะเปิดระบบให้ความร้อนเป็นเวลา แต่จะเปิดพัดลมตลอดเวลา ซึ่งจะเปิดประตูตู้ฟักไข่ทิ้งไว้ตั้งแต่ 09-00-11.00 น. จึงปิดประตูตู้ฟักไข่แล้วเปิดระบบให้ความร้อนทำงานในช่วงที่เปิดประตูตู้ฟัก ไข่ทิ้งไว้ เมื่อถึงเวลา 11.00 น.จึงปิดตู้ฟักแล้วเปิดระบบให้ความร้อนทำเช่นนี้ทุกวันจนถึงวันที่ 31 ของการฟัก อุณหภูมิของตู้ฟักไข่ 100 องศา F อตณหภูมิตุ้มเปียก 90-92 องศา F การกลับไข่ควรกลับอย่างน้อยวันละ 6 ครั้ง จะทำให้เชื้อแข็งแรง ทำให้การฟักออกดีขึ้น ถ้าตู้ฟักที่ควบคุมความชื้นไม่ได้พ่นน้ำที่ไข่วันละ 2 ครั้ง ช่วงบ่ายและสี่โมงครึ่ง น้ำที่ใช้พ่นควรมีอุณหภูมิเท่าตู้ฟักและเป็นน้ำที่สะอาด โดยผสมน้ำยาฆ่าเชื้อลงไปก็ได้ จะทำให้ไข่เป็ดมีเชื้อตายที่ 32 วัน น้อยลงได้
7. การฟักไข่เป็ดเทศในระยะที่ 3 ที่ 32-35 วันของการฟัก
ในวันที่ 32 ของการฟักจะนำไข่ออกจาตุ้ฟักไข่เพ่อนำมาส่องไข่ที่มีเชื้แข็งแรง นำเข้าตู้เกิดไข่เชื้อที่ตายก็นำออกไป การนำไข่ที่มีเชื้อเข้าตู้เกิดจะใส่ถาดโดยวางไข่ในแนวนอนในช่วงนี้จะไม่มี การกลับไข่หรือพ่อนน้ำแต่อย่างใด อุณหภูมิของตู้เกิด 98-99 องศาF อุณหภูมิตุ้มเปียก 94 องศาF ความชื้นสัมพัทธ์ 86% ไข่เป็ดที่จะฟักออกได้ดีควรมีช่องอากาศภายในไข่ เท่ากับ 1 ใน 3 ของไข่ ลูกเป็ดเทศบางตัวอาจเจาะออกเป็นตัวเมื่ออายุ 33 วัน จึงควรเก็บไข่ฟักให้ถึง 35 วัน และตู้เกิดควรแยกออกจากตู้ฟักไม่ควรใช้ตู้เดียวกันเพราะถ้าควบคุมอุณหภูมิ และความชื้นไม่ดีจะทำให้เกิดน้อยลงและที่สำคัญคือไม่แข็งแรงและทำให้อัตรา การ ตายสูงเมื่อนำไปเลี้ยงในช่วงอาทิตย์แรก